국회 재정경제위원회는 지난 2005년 자료를 근거로 신보와 기보의 보증업무 특화 및 중복 보증 문제가 여전히 해결되지 않고 있음을 지적했다.

정부는 2005년 6월 ‘중소기업 금융지원체계’ 및 ’신용보증제도 개편방안‘을 마련하고 12월 신보와 기보의 업무협약으로 기술혁신형 기업지원 특화는 기보가 해 벤처, 이노비즈기업 등 기술평가보증을 우선적용, 전담하기로 했으며 신보 또한 비신기술사업자에 대한 보증으로 일반 창업기업, 수출, 영세중소기업지원을 특화하기로 했다.

또, 주거래보증기관제도 도입(한쪽 기관의 보증금액이 70% 이상인 경우 최초 기한도래시 보증금액이 많은 기관으로 일괄 이전) 등으로 보증특화영역을 구분함으로써 지원대상을 차별 또는 명확화 하기로 했다.

기보는, 신뢰성 있는 기술평가시스템(KTRS) 구축과 기술평가 전문성을 위한 조직과 인력 등 인프라를 확충, 올해부터 보증프로세스를 기술평가로 일원화하여 신규보증의 95% 이상을 기술평가보증으로 운용하는 특화로드맵을 이행 신보와의 중복보증비율이 크게 개선되고 있다고 밝혔다.